Sinopsis Anime Fairy Gone

Keberadaan para peri telah ditemukan, para peri bersemayam didalam tubuh hewan-hewan dan membaut para hewan memiliki kemampuan khusus masing-masing. Kini organ binatang dicangkokkkan edalam tubuh manusia untuk dapat memanggil para peri dan menggunakan kekuatan mereka sebagai senjata. Orang-orang yang menerima kekuatan peri disebut "Prajurit Peri". Namun setelah perang usai mereka kembali berbaur kedalam masyarakat dan memilih jalan baru masing-masing.

   Setelah sembilan tahun pasca perang. Salah seorang mantan prajurit peri bernama Maria Noel bergabung dengan organisasi bernama "Dorothea". Organsasi ini bertugas melakukan investgasi dan menekan tingkat kriminalitas yang berhubungan dengan para peri. Keadaan pemerintahan yang kurang stabil mengakibatkan tingat kriminal dan terorisme naik pesat.