Sinopsis Anime Charlotte

   Anime Charlotte menceritakan kehidupan anak-anak dengan kemampuan khusus yang muncul  saat mencapai masa puber. Yuu Otosaka, seorang anak remaja yang memiliki kemampuan unik untuk mengambil alih tubuh orang lain selama 5 detik. Yuu menggunakan kemampuannya untuk melakukan kecurangan dalam berbagai ujian sekolah dan membuatnya dapat masuk disekolah bergengsi. Yuu tinggal bersama adiknya yang bernama Ayumi Otosaka.

   Suatu hari seorang anak perempuan bernama Nao Tomori menangkap basah Yuu sedang melakukan kecurangan dengan kemampuannya dan akhirnya Nao mengancam Yuu dan memintanya untuk pindah ke Akademi Hoshinuomi bersama adiknya. Disana semua anak yang memiliki kemampuan khusus berkumpul. Dan setelah pindah, Yuu diminta untuk masuk menjadi anggota Dewan siswa sekolah yang ternyata dipimpin oleh Nao. Dewan siswa memiliki misi untuk membantu siswa yang memiliki kesulitan dalam mengendalikan kemampuan mereka dan mencari tahu rahasia dibalik adanya  kemampuan khusus pada para remaja.